技術介紹
m6A是轉錄后調控中重要的表觀遺傳修飾方式,該甲基化過程通過Writers(m6A甲基轉移酶)、Erasers(去甲基化酶)和Readers(識別甲基化酶)的調控作用在腺嘌呤A的第6位氮原子上,具有影響基因表達、RNA剪接、RNA穩定和蛋白翻譯等功能。
meRIP-Seq是目前分析m6A修飾分布的最常用測序技術,該方法將抗體依賴性m6A修飾區域富集與高通量測序相結合,可以高效地在全轉錄組范圍內檢測m6A的存在。
應用方向
1.構建全轉錄組m6A修飾圖譜;
2.識別m6A修飾富集區域及其關聯基因;
3.分析m6A修飾差異區域及其關聯基因;
4.與轉錄組、翻譯組、蛋白組等組學數據關聯分析,挖掘m6A影響基因功能的具體機制。
技術優勢
1.樣品起始量低:
Total RNA起始量低至20μg。
2.全轉錄組信息覆蓋:
獲得全轉錄組范圍m6A修飾富集區域及其關聯基因信息。
3.先進的測序平臺:
采用DNBSEQ技術測序平臺,結果更可靠。
4.一站式服務:
提供樣品處理、建庫、測序和分析的全套服務,更可以提供多組學聯合分析。
技術流程
送樣建議
樣本來源:人、大鼠和小鼠(其他樣本類型請咨詢)。
1.新鮮或凍存組織樣本≥10mg;
2.新鮮或凍存細胞系樣本≥107cell;
3.RNA總量≥20μg,濃度≥200ng/μL。
實測數據
經典案例
圖 3 通過比較DNA甲基化、METTL3 TAP ChIP-Seq和meRIP-Seq數據,發現多個m6A富集基因的啟動子區內CpG島和METTL3富集區域一致,提示RNA的轉錄后修飾可能與其他的表觀遺傳調控機制存在關聯,也提示了meRIP-Seq數據與其他組學數據進行多組學分析的重要性
參考文獻:Xiao S, Cao S, Huang Q, et al. The RNA N6-methyladenosine modification landscape of human fetal tissues[J]. Nature cell biology, 2019, 21(5): 651-661.
本文利用m6A-meRIP-seq技術獲得了21個胎兒組織m6A分布圖譜,確定了m6A的組織間差異以及這種差異對組織特異性基因功能的影響,證明m6A與組織內關鍵基因穩定性正相關;
除了mRNA,本文還詳細報道了lincRNA中m6A分布特點,發現增強子lincRNA富含m6A修飾;組織上m6A修飾區域通常富含與常見疾病數量性狀和復雜性狀表達相關的SNP,這可能會影響m6A修飾;最后,發現m6A修飾優先占據富含CpG啟動子的基因。總之,本研究揭示了m6A過程受到遺傳變異和啟動子的廣泛調節,以及在人類發育和疾病中的廣泛參與而起到重要作用。